Kidjo sinh ra ở Ouidah, Benin.[11] Lên sáu tuổi, Kidjo cùng với mẹ biểu diễn ở một nhà hát địa phương. Hoạt động này giúp bà tiếp xúc với ca vũ nhạc dân gian ngay từ nhỏ.[12] Ở tuổi thiếu niên, bà tham gia ban nhạc ở trường và bắt đầu được công chúng biết đến với ca khúc "Les Trois Z" phát trên sóng radio quốc gia. Sau đó, bà cộng tác với nhà sản xuất người Cameroon Ekambi Brilliant, làm album nhạc đầu tay mang tên Pretty. Album thành công giúp bà có được nhiều tour lưu diễn khắp Tây Phi. Xung đột chính trị ở Benin khiến bà phải rời quê hương để chuyển đến sống ở Paris năm 1983.